在日本进行商标注册申请主要分为三个阶段，申请阶段、审查阶段和注册阶段。

日本商标注册申请阶段

在申请阶段中，申请人首先需要明确申请商标的图样或文字以及希望指定的类别及商品和/或服务。然后，需要选择合适的专利商标事务所。

提交申请后，日本专利局会先给予申请号，并公开该申请。在形式审查有无文件缺陷后即进入实质审查阶段。

日本专利局接受一标多类的申请，申请阶段官方费用为首类别12,000日元，第二类别起每类别8,600日元。

日本商标注册审查阶段

根据审查结果下发驳回通知或者核准注册的通知。

在接到驳回通知书后，申请人如果不予答复，日本专利局则会下发驳回决定。申请人也可以选择答复驳回通知，提出意见书和/或补正书。收到申请人提出的意见书和/或补正书之后，日本审查员继续审查或者直接给出驳回决定。如果收到驳回决定，申请人还可以选择继续提交复审请求。

日本专利局接受一标多类的申请，并且对指定商品／服务无个数限制。但是，需注意的是，如果指定商品／服务范围过宽，则很容易被审查员质疑该商标是否会被实际使用或有计划使用，从而下发驳回通知。

在没有驳回通知的情况下，从申请到收到核准注册通知，大约需要6到8个月的时间。

日本商标注册阶段

在收到核准注册通知后，申请人需要在收到核准通知之日起30日内缴纳注册费用。申请人进行缴费后即获得注册，由日本专利局发布商标公告。除一次性缴纳10年的费用之外，在商业前景并不明显的情况下，申请人也可以选择仅缴纳5年的费用。

注册阶段费用明细：

1）10年保护期官方费用为28,200日元／类别

2）5年保护期官方费用为16,400日元／类别

基本上，缴纳注册费后一个月内会下发注册证。注册后一个月内，日本专利局会发行商标公报。发行之日起2个月内，任何人均可提出异议申请。